主角將走出《寶可夢 朱／紫》的舞台「帕底亞地區」，在「前篇：碧之假面」中前往「北上鄉」參加學院與他校共同舉辦的「夏令營」活動，並在「後篇：藍之圓盤」中前往學院的姊妹校「藍莓學園」留學當交換學生。
一段又一段與未曾見過的寶可夢和人們的邂逅，將在遠離帕底亞地區的地方等著主角。

若要遊玩「前篇：碧之假面」的主線故事，必須先開始《寶可夢 朱／紫》的「校外研究――尋寶」。到「校外研究――尋寶」開始為止所需的遊戲時間大約是 3 小時（會因人而異）。
若要遊玩「後篇：藍之圓盤」的主線故事，必須已播放過《寶可夢 朱／紫》的製作人員名單，且完成「前篇：碧之假面」的主線故事。

前篇：碧之假面

在「前篇：碧之假面」中，主角會被選為學院每年與他校共同舉辦的「夏令營」的成員，前往「北上鄉」。北上鄉高山聳立，山腳一帶則是人們的生活起居之地，有著農田、蘋果園等有別於帕底亞地區的恬靜自然風景。另外，北上鄉的村子每到這個時期都會舉辦慶典，似乎還會有五花八門的攤位，氣氛相當熱鬧。主角將與全新的夥伴、寶可夢相遇，並與他們一同解開北上鄉自古相傳至今的傳說真相。

後篇：藍之圓盤

在「後篇：藍之圓盤」中，主角將會留學到學院的姊妹校「藍莓學園」當交換學生。有別於歷史悠久的學院，藍莓學園是近年新設立的學校，特別致力於寶可夢對戰的教育。令人驚訝的是，這間學校的絕大部分其實都位於海中。主角將會在這裡上課，與當地的學生們交流，體驗別有特色的校園生活。